从名称上的区别。从专业术语角度讲，杂交种子名称叫组合，常规种子名称只叫品种。在种子的包装物表面和标签上的种子类别栏和品种栏应标明是杂交种子或常规种子，标注“组合”的是指杂交种子，标注“品种”的则指常规种子或杂交种子；
从种子的特征特性区别。杂交水稻不如常规水稻种子饱满，秕粒、裂粒（壳）粒较多。杂交种子吸水速度、发芽速度较常规种子快，但发芽率较常规种子低。杂交种子种植后结实的种子，如果再作种用，后代表现性状分离，常规种子可多代利用，后代不表现分离；
从种子包装物和标签标注的内容识别。根据种子类别，使用不同颜色的标签，育种家种子使白色并有紫色单对角条纹，原种使用蓝色，亲本种子使用红色，大田用种使用白色或蓝红以外的单一颜色。
